O controle de qualidade na empresa hoje é um dos fatores mais importantes, pois hoje a Jacareí Agricultura é reconhecida pela qualidade em seus produtos , é são muitas as medidas tomadas para isso, um exemplo disso é o minuncioso processo de rastreabilidade dos produtos entregues nas lojas. O processo de rastreabilidade também é uma maneira de controlar a qualidade dos produtos da empresa, através de seu histórico, ou seja, o produto comercializado, possui um numero de lote, que possibilita ver a data do plantio, o local, a adubação utilizada e o dia em que foi colhido. É como uma identificação personalizada de cada hortaliça e legume da Jacareí Agricultura. O controle de qualidade começa no campo, a Jacareí Agricultura conta hoje com uma equipe de 03 engenheiros agrônomos, 06 técnicos agrícolas para o controle do campo, além de 01 engenheiro agrônomo e 01 técnico agrícola no Packing House, para embalamento e qualificação dos produtos.